โคโกโร่ รัน และโคนันได้รับเชิญจาก สึสึกิ ชิโร่ให้มาที่เมืองโอซาก้า เพื่อช่วยปกป้องอิมพีเรียล อีสเตอร์ เอ้ก ใบที่ 51 หรือ เม็มโมรี่ เอ้ก ให้พ้นจากการขโมยของ จอมโจรคิด โดยได้รับความช่วยเหลือจาก สารวัตรนาคาโมริ ฮัตโตริ เฮย์จิและตำรวจโอซาก้า แต่ถึงกระนั้น ด้วยแผนการอันชาญฉลาดของจอมโจรคิดและการคาดคะเนเวลาปรากฏตัวของจอมโจรคิดผิดพลาด เม็มโมรี่ เอ้กจึงตกอยู่ในมือของจอมโจรคิด แต่ในตอนที่จอมโจรคิดกำลังใช้เครื่องร่อนบินหนี ก็โดนบุคคลนิรนามยิงเข้าที่ตาขวาแต่โชคดีที่มีกระจกกันเอาไว้ ทำให้โคนันซึ่งตามจอมโจรคิดมาสามารถที่จะเก็บรักษาเม็มโมรี่ เอ้กไว้ได้ วันต่อมา เม็มโมรี่ เอ้กจึงถูกส่งกลับโตเกียวด้วยเรือของตระกูลสึสึกิเพื่อตรวจดูความเสียหาย

     บุคคลที่อยู่บนเรือนอกจากพวกของโคนันแล้ว ก็มีโคซากะ นัตสึมิ,ซาวาเบะ คุระโนสึเกะซึ่งเดินทางมาเพื่อบอกเกี่ยวกับเม็มโมรี่ เอ้ก ทำให้โคนันและทุกคนทราบว่ามีเม็มโมรี่ เอ้กอีก 1 ใบอยู่ที่ปราสาทชิโยโกสึกะนิชิโนะ มาซาโตะ,เซลเก้ ออฟตินนิคอฟ,อินุอิ โชอิจิ,โฮชิ เซรัน และซางาวะ ริว ซึ่ง 1 ในบุคคลเหล่านี้ก็มีสกอร์เปี้ยนรวมอยู่ด้วย บนเรือจึงเกิดคดีฆาตกรรมขึ้น สารวัตรเมงูเระจึงต้องเดินทางมาพร้อมกับตำรวจ ซึ่งเหตุการณ์บนเรือก็ทำให้รันและผู้หมวดชิราโทริเริ่มสงสัยในตัวโคนัน เมื่อบุคคลที่เหลืออยู่เดินทางมาที่ปราสาทชิโยโกสึกะ ก็เดินสำรวจปราสาท จนกระทั่งโคนันเจอทางลับใต้ดินของปราสาท ระหว่างเดินในทางใต้ดินก็เจอกับพวกเด็ก ๆ ที่ตกมาจากหอคอยเล็กข้างปราสาท ในทางใต้ดินนี้เอง ที่โคนันเจอกลไกและความลับของเม็มโมรี่ เอ้กที่ซ่อนไว้ แต่แล้วก็เกิดการฆาตกรรมและการขโมยเม็มโมรี่ เอ้กขึ้น โคนันจึงวิ่งตามคนร้ายไปบนปราสาทที่กำลังลุกไหม้เพราะฝีมือของสกอร์เปี้ยน โคนันได้เจอกับสกอร์เปี้ยนตัวจริงและไขคดีทั้งหมด สกอร์เปี้ยนพยายามฆ่าโคนันแต่ก็ไม่เป็นผล เมื่อสกอร์เปี้ยนถูกจัดการจนสลบไป ผู้หมวดชิราโทริก็เข้ามาช่วยโคนัน แต่ไฟก็โหมไหม้ปราสาทรุนแรง คนที่อยู่ทางใต้ดินก็ขึ้นมาหมดแล้ว เหลือเพียงคนที่อยู่ในปราสาทเท่านั้น

โคนัน เดอะ มูฟวี่ 5 ตอน คดีปริศนาเส้นตายสู่สวรรค์ 
  
     ตอนกลางดึก ในระหว่างที่ไปตั้งแคมป์กับโคนัน พวกเด็กๆและดร.อากาสะ ไฮบาระซึ่งไม่น่ามีใครให้โทรหา กลับใช้โทรศัพท์โทรไป ณ ที่ใดที่หนึ่ง และในระหว่างที่โทร เก็นตะที่ตื่นมาเข้าห้องน้ำก็เห็นเข้าพอดีจึงเก็บมาถามไฮบาระ ระหว่างเดินทางกลับ ไฮบาระก็ตอบกลับบ่ายเบี่ยงไปว่า เก็นตะละเมอไปเอง แต่จากท่าทางของไฮบาระ ทำให้โคนันและดร.อากาสะสงสัย จากนั้นพวกโคนันจึงเดินทางไปแวะที่ตึกทวินทาวเวอร์ ตึกแฝดที่สูงที่สุดในเมืองนิชิตะมาจิและพบกับโคโกโร่ รัน และโซโนโกะที่ได้รับเชิญจากโทคิวะ มิโอะ เจ้าของตึกทวินทาวเวอร์เพื่อให้มาดูตึกก่อนที่จะมีงานเปิดตัวและพบกับบุคคลต่างๆที่เกี่ยวข้องกับตึกทวินทาวเวอร์ประกอบด้วย ซาวางุจิ จินามิ,โอกิ อิวามัตสึ,คิซารางิ โฮซุย,ฮาระ โยชิอากิ,คาซามะ ฮิเดฮิโกะ และที่ตึกนี้เอง โคนันเริ่มเจอร่องรอยของพวกชายชุดดำและได้พบว่าไฮบาระโทรไปหาใคร แต่ทว่าก่อนงานเปิดตัวเพียงไม่กี่วัน บุคคลที่เกี่ยวข้องกับตึกทวินทาวเวอร์ก็เริ่มถูกฆาตกรรมไปทีละคน ท่ามกลางความสงสัยของโคนันว่าเกี่ยวข้องกับชายชุดดำหรือไม่ จนกระทั่งถึงวันงานเปิดตัวตึกก็ยังเกิดเหตุฆาตกรรม แล้วตึกทวินทาวเวอร์ก็ยังถูกระเบิดตามชั้นต่างๆ ด้วยแผนของชายชุดดำเพื่อตามหาเชอรี่หรือก็คือไฮบาระนั่นเอง หลังแขกทุกคนอพยพออกจากตึกแล้วโคนันกับรันยังติดอยู่ที่ชั้น 45 ของตึกที่กำลังไฟไหม้รุนแรง รันจึงต้องใช้วิธีเสี่ยงตายและความรักที่มีต่อชินอิจิในการเอาตัวรอดครั้งนี้ เมื่อรันกับโคนันออกจากตึกได้แล้ว ทุกคนก็ต้องพบว่าอายูมิ เก็นตะ มิตซึฮิโกะและไฮบาระ รวมถึงคนร้ายในคดีฆาตกรรมยังติดอยู่บนตึกทวินทาวเวอร์อยู่ โคนันจึงต้องขึ้นไปบนตึกอีกครั้ง เพื่อช่วยพวกเด็กๆและคนร้าย แต่เนื่องจากแผนการอันรัดกุมของชายชุดดำทำให้ตึกไฟไหม้ถึงชั้น 70 และระเบิดจนไฟไหม้บนดาดฟ้า รวมถึงมีการวางระเบิดในห้องจัดงานเลี้ยง ชั้น 75 ที่พวกโคนันอยู่ เวลาเพียงไม่กี่นาทีก่อนที่จะระเบิด พวกโคนันจะทำเช่นไรกับทางรอดเดียวที่มีอยู่คือ รถเฟอร์รารี่ที่เป็นของรางวัลในงานเลี้ยง

พวกโคนันจะสามารถรอดจากตึกทวินทาวเวอร์ที่ไฟไหม้ได้หรือไม่ ใครเป็นคนร้ายตัวจริงในคดีฆาตกรรม ไฮบาระจะถูกชายชุดดำเจอตัวหรือไม่

โคนัน เดอะ มูฟวี่ 10 ตอน บทเพลงมรณะแด่เหล่านักสืบ

     ผลงานยิ่งใหญ่ฉลองครบรอบ 10 ปี โคนัน การรวมตัวครั้งสำคัญของเหล่านักสืบทั้ง 12 ชั่วโมงแห่งความตาย นักสืบโมริ โคโกโร่ถูกว่าจ้างจากชายลึกลับให้คลี่คลายคดี ๆ หนึ่ง พร้อมกับให้พารัน โคนัน และพวกเด็ก ๆ ไปเที่ยวสวนสนุกมิราเคิล

โคนัน เดอะ มูฟวี่ 11 ตอน ปริศนามหาขุมทรัพย์โจรสลัด

     พวกโคนันไปเที่ยวเกาะโคมุอิซึ่งมีตำนานเกี่ยวกับโจรสลัดสาวแอน โบนี่และแมรี่ รีดอยู่บนเกาะนั้น โคนันได้พบกับพวกนักล่าสมบัติที่มาค้นหาขุมทรัพย์ 300 ปีที่โจรสลัดสาวได้ซ่อนเอาไว้สักแห่งหนึ่งในบริเวณนี้ ทว่า 1 ใน 3 นักล่าสมบัติกลับถูกปลาฉลามโจมตี และเมื่อโคนันมาตรวจสอบอย่างละเอียดก็พบว่าแท้จริงแล้วมันไม่ใช่อุบัติเหตุ แต่มันเป็นการฆาตกรรมที่แยบยลยิ่ง! ยอดนักสืบจิ๋วโคนัน ภาค ปริศนามหาขุมทรัพย์โจรสลัดเต็มไปด้วยปริศนาซับซ้อนซ่อนเงื่อนสิ่งที่โคนันต้องเผชิญนอกจากจะเป็นปริศนาฆาตกรรมแล้วเขายังต้องเจอกับปริศนามหาขุมทรัพย์ด้วยแต่ไม่ว่าปริศนาจะซับซ้อนเพียงใด ความจริงก็มีเพียงหนึ่งเดียวเท่านั้น !!

     เกิดคดีฆาตกรรมต่อเนื่องในโตเกียวและคานางาว่า โดยฆาตกรได้ทิ้งหมากแต้มสีไว้ หลังจากนั้นเจ้าหน้าที่ตำรวจก็ได้มาประชุมกันถึงคดีนี้ โดยที่ โมริ โคโกโร่ ก็ได้เชิญมาช่วยในคดีนี้ด้วย แต่ในระหว่างการประชุม ก็มีคนที่มาประชุมด้วยคนหนึ่งได้ออกไปจากงานประชุมอย่างเงียบๆ แต่ โคนัน สังเกตเห็นพิรุจ เลยวิ่งตามลงไป ก็พบว่าคนคนนั้นขึ้นไปบนรถคันโปรดของยินและขับออกไป

     หลังจากสืบคดีนี้ไปเรื่อยๆ โคนัน โคนันได้วิเคราะห์และรู้ถึงเป้าหมายคนสุดท้ายในคดีฆาตกรรมต่อเนื่องและได้ไปพบกับเหยื่อที่จะถูกฆาตกรรม ซึ่งในเวลาเดียวกัน โมริ โคโกโร่ ก็ได้ดูท้องฟ้าและรู้ว่าการฆาตกรรมนี้มีตำแหน่งเหมือนดาวจระเข้ จึงโทรบอก สารวัตรเมงุเระ จูโซ และได้รู้ว่าที่ๆจะเกิดการฆาตกรรมคือที่ หอคอยโตเกียวซึ่งในขณะนั้น โคนัน ได้อยู่บนหอคอยแล้ว ในขณะที่พวกตำรวจกำลังไปที่ หอคอยโตเกียว หมวดซาโต้ มิวาโกะ ได้รับโทรศัพท์จาก ดร.อากาสะ ฮิโรชิ ว่าได้พบคนมีปืนในบ้านร้างในป่า หมวดซาโต้ มิวาโกะ จึงสั่งให้ หมวดทาคางิ วาตารุ เปลี่ยนเส้นทางไปตรวจสอบที่เกิดเหตุ และพบว่า ผู้กำกับมัตซึโมโตะ คิโยนาวะ ถูกจับ มัดไว้ในนั้น ในเวลาเดียวกันพวกตำรวจก็ถึง หอคอยโตเกียว และได้ขึ้นไปบนหอคอย ในระหว่างนั้น ผู้กำกับมัตซึโมโตะ คิโยนาวะ ตัวปลอม ก็ได้ทำร้ายพวกตำรวจที่มาด้วยทั้งหมดจนสลบ และได้ขึ้นไปจะฆ่า โคนัน ในระหว่างนั้น โมริ รัน ได้ขึ้นมาเพื่อตากหาโคนัน เพราะ ซึซึกิ โซโนโกะ ดูทีวีเห็น โคนัน จึงโทรไปบอก โมริ รันจึงได้สู้กับ ผู้กำกับมัตซึโมโตะ คิโยนาวะ ตัวปลอม แต่สู้ไม่ได้ถูกแตะสลบไป โคนันได้ต่อสู้กับพวกชายชุดดำต่อ จนกระทั่งพวกชายชุดดำเอา เฮลิคอปเตอร์ มาไล่ยิง โคนัน จน หอคอยโตเกียว เสียหายมาก แต่โคนันก็สามารถจัดการกับเฮลิคอปเตอร์ ของพวกองค์กรชุดดำได้โดยใช้เข็มขัดยิง โคมไฟที่หลุดลงมา ไปชนเฮลิคอปเตอร์จน